Inicialmente se consagró para el culto arriano, al ser construido por orden del rey ostrogodo Teodorico el grande en 505; tras la conquista bizantina(540) fue habilitada para el culto católico.
Con la conquista de la ciudad por parte de los bizantinos (540) se inició una serie de restauraciones en la ortodoxia católica que implicó el cierre o la transformación de los antiguos edificios relacionados con los ostrogodos y el arrianismo. Fue emblemática la situación de san Apolinar el Nuevo, en la que había en la parte que cubría los arcos que dividen las naves un ciclo de mosaicos con temas relacionados con el cristianismo arriano,que a instancias del obispo Agnello fue eliminada y transformada. Solo se salvaron las partes más altas de la decoración
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